Tout d'abord, ce que Dieu a donné, Dieu peut le reprendre. L'implorer est le toute premier des remèdes. Les moines se sont fort peu souciés de médecine, faute d'accepter de faire des expériences (on ne met pas Dieu à l'épreuve !) et eux, ces grands intellectuels maîtres de nombreuses langues et riches d'un profond savoir, limitent presque leurs conseils à cela. A peine reconnaissent-ils la médecine latine, la seule pratiquée alors légalement. Ils dévoilent parfois quelque remède original compilé ou inventé mais ce n'est pas leur domaine de prédilection Les malades se rendent dans une basilique où ils pourront séjourner plusieurs mois. Le Saint, médecin du corps et de l'âme, peut les guérir par miracles en apparaissant dans leurs rêves. Les cierges situés autour de son tombeau restent allumés en permanence, lui conférant une aura mystique. Les apparitions dues aux délires fiévreux ou à l'autopersuasion surviennent plus souvent que la guérison mais au moins les croyants rejoignent-ils l'Au-delà le cur en paix. Les principaux remèdes reposent sur le tombeau et ce qui l'entoure :
la poussière du tombeau est une panacée que les fidèles récupère et donnent au prêtre des lieux, qui la mélange à de l'eau ou du vin (avec des potions retrouvées dans des textes anciens ?), puis la distribue pour qu'elle soit bue ou emportée. Cette poussière est particulièrement réputée pour soigner les dysenteries, fréquentes à l'époque. Elle peut être emportée dans des petites boîtes pour une action différée.
le voile du tombeau a le pouvoir de guérir la douleur des lèvres quand on la touche avec la bouche (la plupart du temps sous forme de baiser). Son contact sur la zone considérée peut arrêter une hémorragie ou retrouver la vue. Les franges peuvent être emportées comme reliques et, parfois, guérir par application les maladies du corps comme la lèpre ou la scrofule. Dans ce dernier cas, il s'agit d'une maladie soignée aussi par le roi doué de dons de thaumaturge car la scrofule est une maladie de carence et donc très sujette à l'effet placebo.
les cierges brûlent au tombeau et ont, eux aussi, un pouvoir de guérison grâce à l'huile et à la mèche brûlée. La chute accidentelle de ce résidu du haut des luminaires sur le front des futurs époux lors du premier mariage de Philippe Auguste fut habilement retournée en bénédiction divine par le jeune souverain.
l'autel est un lieu sacré où siègent Dieu et Jésus. Le contact de celui-ci avec de l'eau ou du vin donne à ces derniers un pouvoir de guérison.
la grille de bois de l'église a elle aussi un pouvoir de guérison. Plus prosaïquement, il arrive qu'elle soit non loin d'un anneau que les voleurs essayaient de toucher avant de se faire rattraper par le guet. Dès que le malandrin l'avait empoigné, il relevait de la justice divine et les hommes à sa poursuite devaient s'arrêter : Le voyou était en territoire ecclésiastique et soumis à ses règles. Parmi celle-ci, le fait qu'il pouvait arguer vouloir se racheter et, par miséricorde, les ecclésiastiques acceptaient de l'héberger contre sa sincère repentance et de menus travaux.
Tandis que les prêtres pratiquaient essentiellement la médecine religieuse, des personnes comme les moines tentaient tant bien que mal de transmettre les uvres scientifiques d'Hippocrate et Galien. Ces moines vont retranscrire, avec quelques modifications, les écrits anciens se trouvant dans leurs bibliothèques. Ils vont les lire, les étudier, les recopier et surtout appliquer cet art médical auprès de ceux qui en ont besoin. Ils ont une bonne connaissance des plantes que l'on utilise dans les tisanes, décoctions, cataplasmes Les moines et les médecins en prescrivent souvent. Les moines en développent l'utilisation en créant les premiers jardins botaniques et pharmaceutiques. Nous savons maintenant que les moines ont soigné Charlemagne avec de la pénicilline, ayant découvert les vertus de cette moisissure sur les fromages de chèvre dans le sud de l'Allemagne C'est grâce aux moines qu'une certaine idée de la médecine, extrêmement doctrinale, peut continuer à survivre. Malgré toutes les interdictions et tout leur intérêt pour les sciences, ils sauvent le patrimoine médical des médecins antiques. Les moines ne se contentent pas de recopier les manuscrits, car ils ont, grâce aux « hospitales », la possibilité de pratiquer les théories contenues dans ces écrits avant tout celles des isolement et des soins par les traitement et les conditions de vie. C'est grâce aux moines et au clergé que les idées de quarantaine et d'enlèvement des corps s'imposent. Les contemporains s'extasient devant l'Hôpital de l'ordre du même nom à même d'accueillir plus de 2000 indigents et à qui il est prodigué des soins constants et onéreux à titre gracieux. La chirurgie, exigeant des conditions d'asepsie incompatible avec l'hygiène encore balbutiante et de solides connaissances souvent insuffisantes pour atteindre l'objectif salvateur, est peu pratiquée -sauvant par là même les plus robustes. Ils savent aussi administrer potions, pommades, sirops ils sont fabriqués par les apothicaires (ancêtres des pharmaciens et des chimistes). Ces médicaments, destinés à rééquilibrer les « humeurs », sont composés d'ingrédients appartenant aux trois règnes : animal, minéral, végétal. Récemment, Saint moine Albert le Grand, en cherchant à isoler un remède plus efficace encore, a caché dans son officine un pot d'une matière minérale rare sinon nouvelle. Par erreur, elle fut donnée à un moine souffrant qui en mourut : il s'agit de l'Antimoine Dans ces mélanges, il est fréquent que l'on rajoute des pierres précieuses (en raison de leurs fonctions « magiques »). De plus, elles servent à améliorer l'aspect des remèdes (d'où l'expression « dorer la pilule »).
Enfin, il y a la médecine traditionnelle. Cette médecine repose sur les médecins profanes qui sont bannis par la religion, les devins, les sorciers, excommuniés par l'église : Les rebouteux et les ermites qui jouissent d'une grande popularité. Ces ermites sont parfois visités par des Evêques. C'est par le clergé séculier, pourtant moins érudit que le clergé régulier, que les connaissances empiriques obtiendront droit au chapitre. Trop penchés sur les dogmes et les livres, les moines font en effet peu de cas de ces remèdes issus de l'expérience et du savoir populaire ancestral. Ils guérissent les malades par des breuvages à base de plantes. Mais la médecine profane est très critiquée à cette époque. Comme les médecins ne sont pas des personnalités de haut rang social, les dignitaires du Haut Moyen-Age peuvent donc attaquer à volonté ces médecins qui ne guérissent pas grand chose. Après les invasions et les destructions, le savoir médical ne repose plus que sur la transmission orale et les médecins profanes déclinent progressivement au rang de charlatans. L'une des maladies graves, infectieuses, contagieuses et épidémiques mal traitée est la variole ; elle se caractérise par des plaques rouges devenant des vésicules puis des pustules. Elle refait son apparition au Moyen-Age après une accalmie et revient en force en Europe. De nombreux malades sont soi-disant soignés grâce à des ventouses posées aux épaules et aux jambes qui font apparaître et crever les tumeurs. Mais les critiques ne suffisent pas et certains dignitaires jouent avec a vie des médecins. Un récit de Grégoire-de-Tours raconte que la reine Austrigilde, femme de Gontran, roi des Burgondes, ayant contracté la variole, fit jurer à son mari de tuer les praticiens, dont les potions ne la guérissaient pas, si elle venait à mourir. Les critiques envers la médecine profane durèrent jusqu'à ce que, au XIième siècle, Fulbert de Chartres, se demande s'il fallait y avoir recours..